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生物信息学分析和预测Snai1的靶向作用miRNA分子
1 南华大学附属郴州市第一人民医院消化内科 湖南省郴州市 423000
2 南华大学附属郴州市第一人民医院ICU 湖南省郴州市 423000
【摘 要】目的：通过生物信息学方法预测和寻找Snai1 的靶向作用miRNA 分子.方法：通过生物信息学软件分析Snai1 的靶向作用miRNA 分子,再通过热力学稳定性评分和序列保守性评分,对所获得miRNAs 分子进行分析,获得与Snai1 结合特异性最好,稳定性最高的靶miRNA.结果：预测到有12 个miRNAs 可与Snai1 结合；其中,miR-199a-5p、miR-410 与Snai1 结合的稳定性和特异性较好.结论：miR-199a-5p、miR-410 可能是Snai1 的靶miRNA.
【关键词】生物信息学；Snai1；miRNA；靶基因Snai1 基因超家族是一类具有锌指结构的转录抑制因子家族,Snai1 家族基因对脊椎动物神经脊和中胚叶组织的形成具有重要作用,往往在间叶组织中表达,因而被认为是一种间叶源性标志物[1].
miRNA- 靶基因之间的调控具有一定的特异性和互补性[2].通过相关软件预测miRNA- 靶基因之间的结合,可以为下一步实验提供理论基础.本研究通过通过生物信息学软件预测与Snai1 结合的miRNA分子,以确定miRNA-Snai1 之间的相互作用.
1 方法
1.1 miRWalk 预测与Snai1 结合的miRNA分子
miRwalk 在线程序可通过10 个生物信息学软件进行“交集”分析与Snai1 结合的miRNA 分子.
1.2 miRanda 软件对与Snai1 结合miRNA分子进行评分
将Snai1 基因输入miRanda 在线程序,进行热力学稳定性评分和序列保守性评分,以预测与Snai1 结合特异性和稳定性较好的miRNA 分子.
2 结果
2.1 获得12 个与Snai1 结合的miRNA 分子10 个软件当中有6 个软件预测到有12个miRNAs 可与Snai1 结合：miR-30d,miR-30b,miR-30c,miR-410,miR-153,miR-125a-5p,miR-522,miR-615-5p,miR-199a-5p,miR-125b,miR-30e,miR-3a.
2.2 与Snai1 结合miRNA 分子评分结果miRanda 软件进行热力学稳定性评分和序列保守性评分,结果发现：miR-199a-5p、miR-410 与Snai1 结合的热动力学得分分别排第1、第2,说明结合稳定性和特异性较好,同时,序列保守性得分也高.因此,miR-199a-5p、miR-410 可能是Snai1 的靶miRNA.如表1 所示.
3 讨论
研究发现,Snai1 基因与细胞增殖、细胞动力学、细胞周期调节及细胞凋亡等有密切关系[3],其异常表达可导致细胞形态发生改变,细胞间连接缺失,细胞获得侵袭潜能,促进肿瘤发生[4].Snai1 表达下调可能与miRNA 调控有关.
miRwalk 通过多个生物信息学软件同时预测分析miRNA- 靶基因之间的结合,不同的软件采用的算法不同,预测的结果可能会有一些差异.结合多个软件的结果进行预测,则可信度较好[5].miRwalk 预测到了有12 个miRNAs 可与Snai1 结合,说明这些miRNAs 与Snai1 结合的可能性较大,但结合特异性尚不明了,必须对这些miRNAs 进一步分析.
分析miRNA- 靶基因之间的结合的特异性和稳定性的生物信息学软件miRanda主要通过计算miRNA- 靶基因之间的结合的热动力学、序列保守性来计算他们之间结合的特异性和稳定性[6].本研究结果发现：miR-199a-5p、miR-410 与Snai1 结合的热动力学得分比较低,说明结合稳定性和特异性较好,同时,序列保守性得分也高.因此, miR-199a-5p、miR-410 可能是Snai1 的靶miRNA.
miR-199a-5p 在胃癌中是一个候选癌基因,其在胃癌中表达增高,促进胃癌的侵袭和转移[7].而miR-410 作为抑癌因子可通过靶向MDM2,抑制胃癌细胞的侵袭转移[8].由于Snai1 是一个已知的癌基因,因此,miR-410 靶向结合Snai1 的可能性更高.由于miRNA- 靶基因与靶基因之间的结合调控具有很大的不确定性,为了进一步证实miRNA- 靶基因之间的结合,需通过后续实验选取miR-199a-5p、miR-410 做实验验证以及功能研究.
（通讯作者：欧文胜）
参考文献
[1]Taparra KT,Wang H,Malek R, etal.SNAI1 Regulates the HexosamineBiosynthesis Pathway to PromoteKras Mutant Lung Tumorigenesis[J].Int J Radiat Oncol Biol Phys.2016,96(2S):S54-S55.
[2]Stahlhut C,Slack FJ.MicroRNAsa n d t h e c a n c e r p h e n o t y p e :p r o f i l i n g , s i g n a t u r e s a n dclinical implications[J].GenomeMed.2013,5(12):111.
[3]Qi J,Li T,Bian H,et al.SNAI1p r o m o t e s t h e d e v e l o p m e n t o fHCC through the enhancement ofproliferation and inhibition ofapoptosis[J]. FEBS Open Bio. 2016,6(4):326-337.
[ 4 ] H o r v a y K , J a r d é T , C a s a g r a n d aF , e t a l . S n a i 1 r e g u l a t e s c e l ll i n e a g e a l l o c a t i o n a n d s t e mcell maintenance in the mouseintestinal epithelium[J].EMBOJ.2015,34(10):1319-1335.
[5]Kumar A,Wong AK,Tizard ML,et al.miRNA_Targets:a database for miRNAtarget predictions in coding andnon-coding regions of mRNAs [J].Genomics.2012,100(06):352-356.
[ 6 ] K u m a r A , W o n g A K , T i z a r dM L , e t a l . m i R N A _ T a r g e t s : ad a t a b a s e f o r m i R N A t a r g e tpredictions in coding and nonco d i n g r e g i o n s o f m R N A s [ J ] .Genomics.2012,100(06):352-356.
[ 7 ] H e X J , M a Y Y , Y u S , e t a l . U p -regulated miR-199a-5p in gastriccancer functions as an oncogenea n d t a r g e t s k l o t h o [ J ] . B M CCancer.2014,14:218.
[ 8 ] S h e n J , N i u W , Z h o u M , e t a l .MicroRNA-410 suppresses migrationand invasion by targeting MDM2 ingastric cancer[J].PLoS One.2014,9(08):e104510.
作者简介
刘汉雄,男.大学本科学历.主治医师.在读研究生.南华大学附属郴州市第一人民医院消化内科.
欧文胜,副主任医师.南华大学附属郴州市第一人民医院消化内科.
生物信息学论文范文结:
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